MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Lactococcus lactis subsp. cremoris A76 plasmid pQA518

Total Repeats: 280

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017495	AAC	2	6	538	543	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385836840
2	NC_017495	GGT	2	6	561	566	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385836840
3	NC_017495	A	6	6	587	592	100 %	0 %	0 %	0 %	385836840
4	NC_017495	GTG	2	6	598	603	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385836840
5	NC_017495	ATA	2	6	707	712	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385836840
6	NC_017495	AAAG	2	8	726	733	75 %	0 %	25 %	0 %	385836840
7	NC_017495	ATT	2	6	735	740	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385836840
8	NC_017495	CTTT	2	8	743	750	0 %	75 %	0 %	25 %	385836840
9	NC_017495	TAG	2	6	762	767	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385836840
10	NC_017495	AAG	2	6	785	790	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385836840
11	NC_017495	AAGC	2	8	808	815	50 %	0 %	25 %	25 %	385836840
12	NC_017495	ATG	2	6	902	907	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385836840
13	NC_017495	AGTAT	2	10	1010	1019	40 %	40 %	20 %	0 %	385836840
14	NC_017495	CGGA	2	8	1080	1087	25 %	0 %	50 %	25 %	385836840
15	NC_017495	GCGA	2	8	1140	1147	25 %	0 %	50 %	25 %	385836840
16	NC_017495	A	6	6	1203	1208	100 %	0 %	0 %	0 %	385836840
17	NC_017495	GAA	2	6	1216	1221	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385836840
18	NC_017495	AC	3	6	1230	1235	50 %	0 %	0 %	50 %	385836840
19	NC_017495	AAAG	2	8	1260	1267	75 %	0 %	25 %	0 %	385836840
20	NC_017495	GAA	2	6	1305	1310	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385836840
21	NC_017495	ATGA	2	8	1459	1466	50 %	25 %	25 %	0 %	385836840
22	NC_017495	TAT	2	6	1467	1472	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385836840
23	NC_017495	AGA	2	6	1499	1504	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385836840
24	NC_017495	A	6	6	1585	1590	100 %	0 %	0 %	0 %	385836840
25	NC_017495	A	6	6	1627	1632	100 %	0 %	0 %	0 %	385836840
26	NC_017495	TACC	2	8	1645	1652	25 %	25 %	0 %	50 %	385836840
27	NC_017495	TGAG	2	8	1680	1687	25 %	25 %	50 %	0 %	385836840
28	NC_017495	TGA	2	6	1714	1719	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385836841
29	NC_017495	A	8	8	1771	1778	100 %	0 %	0 %	0 %	385836841
30	NC_017495	A	7	7	1782	1788	100 %	0 %	0 %	0 %	385836841
31	NC_017495	GTA	2	6	1802	1807	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385836841
32	NC_017495	A	7	7	1882	1888	100 %	0 %	0 %	0 %	385836841
33	NC_017495	A	7	7	1893	1899	100 %	0 %	0 %	0 %	385836841
34	NC_017495	A	8	8	1915	1922	100 %	0 %	0 %	0 %	385836841
35	NC_017495	A	7	7	1926	1932	100 %	0 %	0 %	0 %	385836841
36	NC_017495	ATG	2	6	1935	1940	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385836841
37	NC_017495	TTA	2	6	1961	1966	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385836841
38	NC_017495	AAG	2	6	1986	1991	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385836841
39	NC_017495	TTG	2	6	2003	2008	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385836841
40	NC_017495	CAA	2	6	2045	2050	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385836841
41	NC_017495	GAA	2	6	2081	2086	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385836841
42	NC_017495	ATAAA	2	10	2214	2223	80 %	20 %	0 %	0 %	385836841
43	NC_017495	GAA	2	6	2231	2236	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385836841
44	NC_017495	AAT	2	6	2240	2245	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385836841
45	NC_017495	A	6	6	2255	2260	100 %	0 %	0 %	0 %	385836841
46	NC_017495	TC	3	6	2476	2481	0 %	50 %	0 %	50 %	385836842
47	NC_017495	TTGT	2	8	2486	2493	0 %	75 %	25 %	0 %	385836842
48	NC_017495	T	6	6	2493	2498	0 %	100 %	0 %	0 %	385836842
49	NC_017495	CTGA	2	8	2507	2514	25 %	25 %	25 %	25 %	385836842
50	NC_017495	CTG	2	6	2727	2732	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385836842
51	NC_017495	T	6	6	2738	2743	0 %	100 %	0 %	0 %	385836842
52	NC_017495	ACCG	2	8	2793	2800	25 %	0 %	25 %	50 %	385836842
53	NC_017495	CAA	2	6	2834	2839	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385836842
54	NC_017495	CGA	2	6	2870	2875	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385836842
55	NC_017495	TCA	2	6	2887	2892	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385836842
56	NC_017495	T	6	6	2942	2947	0 %	100 %	0 %	0 %	385836842
57	NC_017495	CTG	2	6	2976	2981	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385836842
58	NC_017495	TGA	2	6	2990	2995	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385836842
59	NC_017495	GCT	2	6	3014	3019	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385836842
60	NC_017495	GTT	2	6	3157	3162	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385836842
61	NC_017495	TGA	2	6	3239	3244	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385836842
62	NC_017495	CATA	2	8	3425	3432	50 %	25 %	0 %	25 %	385836842
63	NC_017495	AT	3	6	3460	3465	50 %	50 %	0 %	0 %	385836842
64	NC_017495	TAG	2	6	3539	3544	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385836842
65	NC_017495	AT	3	6	3589	3594	50 %	50 %	0 %	0 %	385836842
66	NC_017495	AAC	2	6	3678	3683	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385836842
67	NC_017495	CAA	2	6	3717	3722	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385836842
68	NC_017495	GCCAAA	2	12	3733	3744	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385836842
69	NC_017495	CCA	2	6	3753	3758	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385836842
70	NC_017495	ATT	2	6	3826	3831	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385836842
71	NC_017495	ATT	2	6	3924	3929	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385836843
72	NC_017495	T	6	6	3938	3943	0 %	100 %	0 %	0 %	385836843
73	NC_017495	T	7	7	3959	3965	0 %	100 %	0 %	0 %	385836843
74	NC_017495	T	6	6	4012	4017	0 %	100 %	0 %	0 %	385836843
75	NC_017495	AGCA	2	8	4070	4077	50 %	0 %	25 %	25 %	385836843
76	NC_017495	TCTTT	2	10	4104	4113	0 %	80 %	0 %	20 %	385836843
77	NC_017495	CGT	2	6	4114	4119	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385836843
78	NC_017495	A	6	6	4125	4130	100 %	0 %	0 %	0 %	385836843
79	NC_017495	CCA	2	6	4136	4141	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385836843
80	NC_017495	ACC	2	6	4153	4158	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385836843
81	NC_017495	CAA	2	6	4261	4266	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385836843
82	NC_017495	T	7	7	4315	4321	0 %	100 %	0 %	0 %	385836843
83	NC_017495	T	7	7	4327	4333	0 %	100 %	0 %	0 %	385836843
84	NC_017495	CATA	2	8	4396	4403	50 %	25 %	0 %	25 %	385836843
85	NC_017495	AT	3	6	4407	4412	50 %	50 %	0 %	0 %	385836843
86	NC_017495	CGCT	2	8	4429	4436	0 %	25 %	25 %	50 %	385836843
87	NC_017495	CGT	2	6	4670	4675	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385836843
88	NC_017495	GAC	2	6	4748	4753	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385836843
89	NC_017495	CGA	2	6	4776	4781	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385836843
90	NC_017495	T	6	6	4788	4793	0 %	100 %	0 %	0 %	385836843
91	NC_017495	TCA	2	6	4884	4889	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385836843
92	NC_017495	TCA	2	6	4923	4928	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385836843
93	NC_017495	TCA	2	6	4947	4952	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385836843
94	NC_017495	TCT	2	6	5275	5280	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385836844
95	NC_017495	AGTA	2	8	5327	5334	50 %	25 %	25 %	0 %	385836844
96	NC_017495	ATC	2	6	5397	5402	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385836844
97	NC_017495	ACG	2	6	5452	5457	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385836844
98	NC_017495	TAAA	2	8	5462	5469	75 %	25 %	0 %	0 %	385836844
99	NC_017495	A	7	7	6521	6527	100 %	0 %	0 %	0 %	385836845
100	NC_017495	AG	3	6	6556	6561	50 %	0 %	50 %	0 %	385836845
101	NC_017495	A	8	8	6593	6600	100 %	0 %	0 %	0 %	385836845
102	NC_017495	ATT	2	6	6624	6629	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385836845
103	NC_017495	AGA	2	6	6702	6707	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385836845
104	NC_017495	TAA	2	6	6749	6754	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385836845
105	NC_017495	CAA	2	6	6781	6786	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385836845
106	NC_017495	T	6	6	6868	6873	0 %	100 %	0 %	0 %	385836845
107	NC_017495	ACTGAT	2	12	6943	6954	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385836845
108	NC_017495	TA	3	6	6955	6960	50 %	50 %	0 %	0 %	385836845
109	NC_017495	CTTG	2	8	6961	6968	0 %	50 %	25 %	25 %	385836845
110	NC_017495	AAT	2	6	6979	6984	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385836845
111	NC_017495	ATATA	2	10	7013	7022	60 %	40 %	0 %	0 %	385836845
112	NC_017495	ATC	2	6	8106	8111	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385836846
113	NC_017495	TAT	2	6	8131	8136	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385836846
114	NC_017495	GTT	2	6	8159	8164	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385836846
115	NC_017495	A	8	8	8168	8175	100 %	0 %	0 %	0 %	385836846
116	NC_017495	GGA	2	6	8177	8182	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385836846
117	NC_017495	GAA	2	6	8231	8236	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385836846
118	NC_017495	GAA	2	6	8267	8272	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385836846
119	NC_017495	CAC	2	6	8415	8420	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385836846
120	NC_017495	TAC	2	6	8476	8481	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385836846
121	NC_017495	T	6	6	8589	8594	0 %	100 %	0 %	0 %	385836846
122	NC_017495	ATT	2	6	8633	8638	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385836847
123	NC_017495	ATC	2	6	8728	8733	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385836847
124	NC_017495	A	6	6	8797	8802	100 %	0 %	0 %	0 %	385836847
125	NC_017495	TTC	2	6	8872	8877	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385836847
126	NC_017495	TGAC	2	8	8928	8935	25 %	25 %	25 %	25 %	385836847
127	NC_017495	AAT	2	6	9192	9197	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385836847
128	NC_017495	CGG	2	6	9277	9282	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385836847
129	NC_017495	TAAA	2	8	9483	9490	75 %	25 %	0 %	0 %	385836847
130	NC_017495	TAT	2	6	9512	9517	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385836847
131	NC_017495	A	7	7	9694	9700	100 %	0 %	0 %	0 %	385836848
132	NC_017495	AGT	2	6	9727	9732	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385836848
133	NC_017495	T	7	7	9774	9780	0 %	100 %	0 %	0 %	385836848
134	NC_017495	TAT	2	6	9838	9843	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385836848
135	NC_017495	T	7	7	9880	9886	0 %	100 %	0 %	0 %	385836848
136	NC_017495	A	6	6	9901	9906	100 %	0 %	0 %	0 %	385836848
137	NC_017495	TGG	2	6	9937	9942	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385836848
138	NC_017495	TAT	2	6	9965	9970	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385836848
139	NC_017495	TAT	2	6	10033	10038	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385836848
140	NC_017495	TTTA	2	8	10041	10048	25 %	75 %	0 %	0 %	385836848
141	NC_017495	T	7	7	10116	10122	0 %	100 %	0 %	0 %	385836848
142	NC_017495	ACGG	2	8	10130	10137	25 %	0 %	50 %	25 %	385836848
143	NC_017495	ATCA	2	8	10153	10160	50 %	25 %	0 %	25 %	385836848
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150	NC_017495	T	6	6	10350	10355	0 %	100 %	0 %	0 %	385836848
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164	NC_017495	GCT	2	6	11181	11186	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385836849
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251	NC_017495	T	6	6	15257	15262	0 %	100 %	0 %	0 %	385836851
252	NC_017495	TAATG	2	10	15266	15275	40 %	40 %	20 %	0 %	385836851
253	NC_017495	TAT	2	6	15296	15301	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385836851
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256	NC_017495	TAT	2	6	15512	15517	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385836851
257	NC_017495	GT	3	6	15539	15544	0 %	50 %	50 %	0 %	385836851
258	NC_017495	T	6	6	15584	15589	0 %	100 %	0 %	0 %	385836851
259	NC_017495	CAATC	2	10	15610	15619	40 %	20 %	0 %	40 %	385836851
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261	NC_017495	TTC	2	6	15632	15637	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385836851
262	NC_017495	T	6	6	15675	15680	0 %	100 %	0 %	0 %	385836851
263	NC_017495	AGCAAA	2	12	15710	15721	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	385836851
264	NC_017495	TCCCC	2	10	15775	15784	0 %	20 %	0 %	80 %	385836851
265	NC_017495	CATC	2	8	15793	15800	25 %	25 %	0 %	50 %	385836851
266	NC_017495	AAC	2	6	15801	15806	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385836851
267	NC_017495	TCA	2	6	15828	15833	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385836851
268	NC_017495	CAAGC	2	10	15904	15913	40 %	0 %	20 %	40 %	385836851
269	NC_017495	TCG	2	6	15963	15968	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385836851
270	NC_017495	GCT	2	6	15988	15993	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385836851
271	NC_017495	ATC	2	6	16010	16015	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385836851
272	NC_017495	CGT	2	6	16196	16201	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385836851
273	NC_017495	TGCT	2	8	16214	16221	0 %	50 %	25 %	25 %	385836851
274	NC_017495	ATT	2	6	16283	16288	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385836851
275	NC_017495	TCG	2	6	16356	16361	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385836851
276	NC_017495	CTG	2	6	16369	16374	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385836851
277	NC_017495	GAA	2	6	16376	16381	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385836851
278	NC_017495	TCGG	2	8	16419	16426	0 %	25 %	50 %	25 %	385836851
279	NC_017495	GTTG	2	8	16467	16474	0 %	50 %	50 %	0 %	385836851
280	NC_017495	T	6	6	16483	16488	0 %	100 %	0 %	0 %	385836851

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.